Я протестировал только до 50 000 целых чисел, но у меня есть довольно неплохие данные о производительности, связанные с разделением больших списков различными методами, с CLR и таблицей чисел, возглавляющей пакет на верхнем уровне:
Не уверен, используете ли вы целые числа или строки, но результаты должны быть примерно эквивалентны.
В целом, признаюсь, я понятия не имею, что такое JPA 2.0, но я предполагаю, что вы можете контролировать формат списков, которые он отправляет на SQL Server.