Файлы должны храниться в клиентских файловых системах, верно?
Как правило, сохранение данных на компьютере клиента с помощью веб-скрипта считается нарушением безопасности. Я бы не стал этого делать, но если это одно из требований вашего проекта, вы можете попробовать.
Поскольку целевой платформой будет IE, вы можете попробовать ActiveX. Пример кода (не тестировался):
var fso = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");
var fh = fso.CreateTextFile("c:\\path\\file.txt", true);
fh.WriteLine("Some text");
fh.Close();