Есть обходной путь. Вы можете принудительно переформатировать, сохранив сначала свой новый xml в строку, а затем снова загрузите его после установки свойства formatOutput, например ::
$strXml = $dom->saveXML();
$dom->formatOutput = true;
$dom->loadXML($strXml);
echo $dom->saveXML();