Учитывая, что из командной строки вы запускаете что-то вроде этого:
[path]\setup.exe /Q /other_args
В PowerShell вы можете просто вызвать то же самое, используя что-то вроде этого:
$cmd = "[path]\setup.exe /Q /other_args";
Invoke-Expression -command $cmd | out-null;
У меня естьне делал это лично, но это был бы первый подход, который я бы попробовал, если бы это было моей задачей.