Я заметил это в изменениях R 2.14:
R CMD Sweave теперь имеет опцию --pdf для создания PDF-версии обработанного документа Sweave.
Попробовав это, я заметил, что он не только запускал pdfLaTeX на полученном тексте, но также правильно включал ссылки на bibTeX и впоследствии очищался.Похоже, очень и очень хороший способ использовать Sweave сейчас (не говоря уже о том, как легко теперь реализовать всю подпрограмму в редакторах).
Но что именно сейчас работает?Я не мог найти больше деталей об этом.Кажется, Sweave -> pdflatex -> bibtex -> pdflatex -> pdflatex хотя бы?