Ветви в Mercurial являются постоянными, поэтому они являются хорошим выбором для вещей, которые живут вечно, таких как «релиз 1.0» и «экспериментальный». Для функций вы можете рассмотреть что-то более временное, например, закладки, клоны или анонимные ветви. Все четыре варианта очень хорошо описаны здесь: http://stevelosh.com/blog/2009/08/a-guide-to-branching-in-mercurial/
Как показывает @wolvever, вы можете скрыть его из списка, но вы не можете избавиться от него, не сделав свое репо полностью другим репо (и, таким образом, сломав все клоны).