Независимость от базы данных - это хорошо. Я рассматриваю все системы СУБД как простые движки SQL.
Добавлен
В наши дни классные дети даже не используют SQL. Вместо этого используется промежуточный слой Object-Relational Mapping (ORM). Например, ActiveRecord в Rails или аналог .
PHP ORM
A SO Вопрос о библиотеках ORM для PHP . Нет SQL!
Последняя мысль
Наконец, с точки зрения производительности, часто СУБД является наименее расширяемой. - Уровень приложения может быть клонирован намного быстрее, чем разделение хранилища данных. Таким образом, ваш пробег может отличаться, но я бы осторожно предположил, что переход большей функциональности на уровень СУБД был бы выигрышем для всей системы.
Скорее, часто наоборот - перенос функциональности из СУБД там, где это целесообразно. Например, в наши дни широко используется MemCache, несмотря на системы СУБД, включая их собственные кэши запросов.