Мое предположение: похоже, TOAD не обрабатывает запрос так же, как Oracle.
В первом запросе, возможно, TOAD проверяет определения таблиц для lims.sample и lims.product и находит столбец "product_id" в обоих, так что все в порядке.
Во втором запросе TOAD не может проверить определение таблицы для первой части объединения, потому что это вложенный запрос; так что, возможно, он сдастся и даст вам этот совет (вот почему совет говорит: «... или это относится к ярлыку», который, вероятно, является компромиссом).
Я бы проигнорировал совет в этом случае, тем более что он работает нормально и возвращает те же результаты.