Предположим, вы хотите только ID 1, потому что для ID 2 есть значение A, которое является IN (9, -1,20), это то, что вы хотите:
SELECT t1.id, t1.A
FROM my_table t1
LEFT JOIN my_table t2
ON t2.id = t1.id
AND t2.A IN (9, -1, 20)
WHERE t2.id IS NULL
или
SELECT id
FROM my_table t1
WHERE NOT EXIST (
SELECT NULL
FROM my_table t2
WHERE t2.id = t1.id
AND t2.A IN (9, -1, 20)
)