WOW. Просто понял это, и теперь я могу двигаться дальше по жизни.
Версия TLDR:
Переустановил WebProfileBuilder и все ссылки разобрались!
Подробная версия:
Как выясняется, оба решения, которые не будут видеть ссылки на сборку, основаны на структуре членства (компоненты WebProfileBuilder). Несмотря на то, что я перешел через зависимости WebProfileBuilder, я не переустановил установочный пакет WebProfileBuilder.
После переустановки WebProfileBuilder MSI обнаружил здесь все ссылки волшебным образом разобрались. Странно, если учесть, что большинство этих ссылок мало или совсем не связаны с WebProfileBuilder
Я использовал интерфейс командной строки MSBuild, чтобы получить дополнительную информацию, которая меня выправила. MSBuild не обнаружил проблем с другими ссылками на сборки, ТОЛЬКО с WebProfileBuilder. Так что спасибо за совет по использованию MSBuild! Это в конечном итоге помогло мне добраться до сути этой проблемы!
Вперед к настройке среды VS2010!