Blueprint в порядке (хотя я недавно переключился на Twitter Bootstrap) - независимо от сложности сайта, и он делает все за вас, если ваша разметка верна и классы используются правильно.
Одним из мест, с которого нужно начать, кроме doctype (который также должен быть добавлен - как уже упоминалось в Michas), было бы добавить «последний» класс в div, содержащий ваш div панели navbar. То, как вы это написали прямо сейчас, это то, что у вас есть span-24, содержащий другой span-24, за которым сразу следуют span-15 и span-9.
У вас есть:
<div class="span-24 last">
<div class="span-24">
...
</div>
<div class="span-15">
...
</div>
<div class="span-9 last">
...
</div>
</div>
Вы должны иметь:
<div class="span-24 last">
<div class="span-24 last">
...
</div>
<div class="span-15">
...
</div>
<div class="span-9 last">
...
</div>
</div>
Как написано сейчас, я ни в коем случае не удивлюсь, что IE не может понять, что в одной строке не должно быть 48 пядей.