Согласно VersionOfTomcatInJBossAS , JBoss AS 4.0.5 включает в себя Tomcat 5.5.20, поэтому вы должны иметь возможность использовать стандартные дескрипторы Tomcat 5.5 context.xml, включая useHttpOnly.
Кроме того, рассмотрите возможность обновления JBoss до чего-то более нового - 4.0.x очень старый.