Это будет зависеть от дистрибутива Linux и выбранной пользователем среды рабочего стола.
Вам необходимо выяснить, какой эмулятор консоли / терминала вы используете, посмотреть на параметры его командной строки и найти тот, который позволяет вам указать команду для запуска. Например:
gnome-terminal -e "some command"
запускает some command
в новой консоли, закрывая консоль при выходе из команды.
gnome-terminal -e "bash -c \"some command" ; sleep 10\"
запускает some command
в новой консоли, ожидая 10 секунд перед закрытием.
Другие эмуляторы консоли / терминала, вероятно, будут делать это по-другому ...
Последний шаг - использовать Runtime.exec(...)
или ProcessBuilder
и друзей для сборки составной команды.