Сеансы в PHP передаются с использованием идентификатора, который обычно передается в виде файла cookie - см. Передача идентификатора сеанса в руководстве.
Это означает, что если этот идентификатор (cookie) не передан в Ajax-запрос, то скрипт PHP, вызванный с помощью этого запроса, не будет считать, что пользователь тот же;и увидит его как другого.
Итак, в основном: вы должны найти способ не передавать этот идентификатор сеанса при выполнении вашего Ajax-запроса.
Конечно: не удаляйте cookie: он должен оставаться здесь, для других видов запросов, если вы не хотите, чтобы ваше использование потеряло его сеанс.