Является ли Java EE 6 чем-то специфичным для контейнера EJB, такого как JBoss или Glassfish?
Java EE 6 является спецификацией.Это не зависит от того, как реализована эта спецификация, но обычно это делает сервер приложений, такой как два, о которых вы упомянули.
Означает ли это, что если у вас есть контейнер EE 6, он автоматически поддерживает JPA?
Да.JPA является частью JavaEE v5 и v6.
Является ли JPA спецификацией или API?
Оба.Спецификация определяет семантику, API определяет синтаксис.
Являются ли Hibernate, Kodo или OpenJPA, DataNucleus, EclipseLink, TopLink всей реализацией спецификации JPA?
Да,Различные серверы приложений поставляются с различными реализациями JPA.
Если используемый контейнер поддерживает / содержит API JPA, то я бы не стал развертывать его с каждым приложением?
Это общая идея.Воспользуйтесь услугами, которые предоставляет ваш сервер приложений.
Мне пришла в голову мысль, что JAR Tomcat 7 может иметь его?
Я не знаком с v7 конкретно,но Tomcat не является полной реализацией JavaEE (она предоставляет JSP, сервлеты и пару других вещей, таких как JNDI), но не JPA.При развертывании в Tomcat ваше приложение должно будет упаковать свою собственную реализацию JPA.