Я не уверен, что у IntelliJ есть что-то подобное, но Maven наверняка сделает то, что вам нужно.Вы можете использовать Maven (http://maven.apache.org/) с плагином Assembly (http://maven.apache.org/plugins/maven-assembly-plugin/).). С некоторой простой настройкой вы получите Maven для упаковки zip-файла со всеми необходимыми JAR-файлами в подпапке. Затем вы можетезапустите приложение с помощью некоторого сценария, подобного приведенному ниже:
execute.cmd:
%JAVA_HOME%\bin\java -Xms512m -Xmx512m -classpath "../lib/*" yourPackage.YourClassName
В приведенном выше сценарии предполагается наличие предварительно определенной переменной среды JAVA_HOME. Существуют и другие параметры, например WinRun4J, для запуска приложения.
Maven - замечательный инструмент - вы можете не только создавать ZIP-файл со всем из командной строки, но также управлять всеми зависимостями вашего приложения, и он прекрасно интегрируется с широким набором инструментов SCM, предоставляя вам мощные инструменты, такие какплагин релиза (http://maven.apache.org/plugins/maven-release-plugin/) и др.