Это зависит от типа проекта. Это веб-сайт или веб-приложение? Веб-сайты динамически компилируются (например, asp.net просматривает файлы и, если файлы .cs или .config изменяются, он перезагружает сайт), веб-приложения прекомпилируются в библиотеки DLL. Похоже, у вас есть веб-приложение, поэтому вам придется развертывать библиотеки DLL вместо файлов CS. Фактически, в этом случае вам не нужны никакие cs-файлы на вашем сервере.
Просто перекомпилируйте локально, посмотрите в каталоге bin вашего веб-приложения, отсортируйте по последним изменениям, и вы увидите обновленные библиотеки DLL - они должны быть перемещены в соответствующую папку bin вашего сервера