Используйте метод setAttribute для добавления атрибута,
// Add an attribute
element.setAttribute("newAttrName", "attrValue");
Используйте следующий метод для записи в файл XML,
// This method writes a DOM document to a file
public static void writeXmlFile(Document doc, String filename) {
try {
// Prepare the DOM document for writing
Source source = new DOMSource(doc);
// Prepare the output file
File file = new File(filename);
Result result = new StreamResult(file);
// Write the DOM document to the file
Transformer xformer = TransformerFactory.newInstance().newTransformer();
xformer.transform(source, result);
} catch (TransformerConfigurationException e) {
} catch (TransformerException e) {
}
}