Насколько я знаю, у вас не может быть двух разных целевых сред, то есть x32 и x64, с простой ванильной версией SWT (т.е. немодифицированной версией).
Если вы хотите изменить сам код SWT, то теоретически можно загрузить разные версии DLL в соответствии с целевой средой.Но вы можете внести некоторые ошибки, и вам придется обновлять свою версию новыми выпусками и исправлениями ошибок (которые выпускаются eclipse).
Также есть другой способ иметь два разных набора jar (чего ты не хочешь) .И в зависимости от архитектуры (x32 или x64) включите соответствующий файл SWT в путь к классу.