Вы можете взглянуть на Apache Net Commons, особенно на FTP-клиент: http://commons.apache.org/net/apidocs/org/apache/commons/net/ftp/FTPClient.html
Вверху есть несколько хороших примеров подключения, входа и отключения.
Я не думаю, что в протоколе FTP на самом деле есть команда для перемещения файлов на стороне сервера, поэтому, возможно, вам трудно найти что-то для этого.(http://en.wikipedia.org/wiki/Ftp#List_of_FTP_commands) Отдельные серверы могут предлагать команды расширения.Если на вашем сервере есть специальная команда для перемещения, вы можете выполнить ее с помощью метода "doCommand (String command, String params)".
В качестве альтернативы вы можете использовать что-то вроде SSH (вместо FTP), есливаш сервер позволяет это.Это позволит вам запускать обычные команды оболочки, такие как mv и cp.