Обычно в репозиториях Ubuntu есть довольно свежая версия Eclipse. Но если вам нужен самый передовой, этот вопрос по askubuntu содержит подробные инструкции о том, как извлечь затмение в каталог (предпочтительный метод, скажем, в Windows) и как исправить все ссылки и ярлыки впоследствии .
Лично я предпочитаю распаковывать eclipse в пользовательский каталог в Ubuntu, и это отлично работает для Eclipse 3.7.2