Нарисуйте дендрограмму в Python вручную - PullRequest
9 голосов
/ 26 июня 2011

Я реализовал алгоритм для решения проблемы кластеризации в графе.Я использовал библиотеку python "python-graph" для представления графа.Теперь на каждом шаге моего вычисления (алгоритм является итеративным), я должен нарисовать часть дендрограммы.Фактически алгоритм является разделительным, в том смысле, что, начиная с исходного графа, вычисляются кластеры.Теперь я не знаю, что использовать для рисования дендрограммы (кто-то предложил PIL, но я ищу что-то простое и не знаю, как использовать PIL) ... можете ли вы что-то предложить и показать мне, каксделать заговор с ним?

Примечание: я читаю другие вопросы, но все, кажется, используют методы, которые используют автоматическое вычисление кластеров ... это не то, что я ищу: мне нужно нарисовать дендрограмму вручнуюили, по крайней мере, найти способ представления кластеров, рассчитанных для рисования.

Спасибо!

Ответы [ 3 ]

2 голосов
/ 26 июня 2011

возможно, другое решение может быть таким: http://ete.cgenomics.org/ Я рекомендую вам основную справочную PDF для начала: http://ete.cgenomics.org/releases/ete2/doc/ete_tutorial.pdf

2 голосов
/ 13 декабря 2011

Набор инструментов Python ETE предоставляет вам множество возможностей для рисования дерева.Механизм рисования позволяет выполнять программную визуализацию дереваДеревья могут быть нанесены в виде изображений PNG или SVG.Дендрограммы могут быть представлены в виде прямоугольных или круглых локонов.

Хотя ETE обычно используется для работы с филогенетическими деревьями, он также предоставляет модуль кластеризации с несколькими специальными предопределенными режимами визуализации.

Проверьте некоторые примеры на http://packages.python.org/ete2/tutorial/tutorial_drawing.html

2 голосов
/ 26 июня 2011

Код для реализации scipy dendrogram можно найти здесь , и эта простая реализация поможет вам двигаться дальше.

...