Как говорит SLaks, Gmail - это особый случай, когда он имеет свои собственные настройки для управления удалением, которые переопределяют все, что хочет сделать клиент.
Его можно редактировать в Forwarding and POP / IMAP
Однако я хочу добавить, что для того, чтобы сообщение считалось "загруженным" Gmail, вам необходимо получить содержимое каждого сообщения, а в случае составных типов сообщений - содержимое каждой части в этом сообщении.
Вот пример кода, который я использую для принудительного удаления нежелательных сообщений из Gmail:
// Grab the content to get the email off the server
// folder is of type javax.mail.Folder and is already in the correct state to get messages from the mail store (Gmail)
Message msg = folder.getMessage(1);
Multipart multipart = (Multipart) msg.getContent();
int partcount = multipart.getCount();
for (int count = 0; count < partcount; count++) {
multipart.getBodyPart(count);
}