У меня была такая же проблема. Но я не пользуюсь автоинструментами. Затем в Makefile, отредактированном вручную, я заметил, что в строке
$(CC) -shared -Wl,-soname,lib$(NAME).so.0 -o lib$(NAME).so.$(VERSION) $(OBJ)
не было опции для gcc, которая указывает на 32-битную архитектуру. Как только у моих CFLAGS уже есть опция -m32, я решил поместить ее в строку, указанную выше:
$(CC) $(CFLAGS) -shared -Wl,-soname,lib$(NAME).so.0 -o lib$(NAME).so.$(VERSION) $(OBJ)
и вуаля. Это работает!
Так что, в autotools, возможно, установка переменной CFLAGS для включения опции -m32 вам тоже подходит.
Надеюсь, я помог ...