Вместо того, чтобы ссылаться на выходную DLL, вы попытались вместо этого установить ее в качестве ссылки на проект.
Кроме того, вы выполнили чистую сборку решения, если какие-либо файлы .Net 4.0 задерживались? Вы можете вручную очистить проект, удалив папки bin и obj.
Вы пытались удалить проекты из решения, создать новый проект .net 3.5 и скомпилировать его. Затем добавьте в проект ddl (Добавить -> существующий проект) и скомпилируйте, затем добавьте в exe проект без ссылки, скомпилируйте и добавьте ссылки.
Странный вопрос, но вы все еще проверяете пространства имен? Можете ли вы назвать в своем проекте namesapce, то есть using mydllproject.model.myengine