На самом деле, если вы хотите, чтобы это было в системном трее, вы не хотите, чтобы оно было полностью в фоновом режиме.
Если бы он был полностью "в фоновом режиме", тогда лучше всего иметь его в качестве услуги.
Для значков в системном трее нужно окно, но вы можете просто сделать его невидимым и не отображать панель задач, и это нормально.
Обычная комбинация - это служба, которая выполняет тяжелую работу, и приложение со скрытым окном со значком systray, который сообщает о состоянии службы (возможно, делая это же окно видимым, когда требуется дальнейшее взаимодействие).