Ваша настройка параметра oci_set_prefetch увеличивает задержку вашего запроса; то есть задержка между моментом выдачи запроса и моментом получения первых результатов. Вы поручили Oracle подождать, пока у него не будет 1000 строк данных, прежде чем отправлять их в PHP. Он старательно следует вашим инструкциям.
Вы видите быстрый результат в sql * plus или любом другом интерактивном клиентском запросе, который вы используете, потому что вы видите первую строку вашего набора результатов довольно быстро, и вы одурачены, полагая, что весь запрос быстрый, потому что результаты выбрасываются мимо тебя.
Вам нужна целая тысяча строк? Попробуйте отключить параметр предварительной выборки и посмотрите, получите ли вы более благоприятные результаты. Попробуйте ограничить длину вашего набора результатов AND ROWNUM <= 10
или чем-то подобным, и посмотрите, поможет ли это.