Хотя, возможно, не очень хороший дизайн UX, потому что всплывающие окна не должны менять свою позицию, пока они видны (огромное отвлечение пользователя), но я думаю, что это может быть сделано только путем скрытия и повторного отображения всплывающего окна..
[myPopOverController dismissPopoverAnimated:NO];
[myPopOverController presentPopoverFromRect:myNewRect inView:self.view permittedArrowDirections:UIPopoverArrowDirectionAny animated:NO];
Сохраняйте анимацию NO, чтобы свести к минимуму отвлечение.