Посмотрите на эту часть Справочной документации Roo:
http://static.springsource.org/spring-roo/reference/html/base-persistence.html
В соответствующей части страницы указано, что ...
Версия 1 не поддерживает JPA 2 и должна использоваться только в том случае, если вы собираетесь развертывать в Google App Engine. Версию 2 следует использовать, если вы собираетесь развертывать в облачных средах VMforce.
Итак, для AppEngine используйте DATANUCLEUS, а для всего, что использует JPA 2 (включая VMForce), используйте DATANUCLEUS_2.