Доморощенный в моем опыте является худшим вариантом для получения gfortran на OS X.
Пробовали ли вы двоичные файлы с этой страницы ?
Другой вариант - MacPorts . И вы также можете собрать gfortran из источников самостоятельно. С XCode 3 это не так сложно. Однако с XCode 4 история может отличаться из-за стандартного LLVM-компилятора.
Есть ли какая-либо конкретная причина использовать для вас последнюю версию XCode? Попробуйте двоичные файлы в первую очередь. Я не тестировал их с XCode 4, но ... дайте нам знать, если вы попробуете.