Нет никакой опасности создавать таблицы с php, если вы делаете это правильно.Фактически, это все, что есть в phpMyAdmin - это просто php-скрипт, который делает то же самое (только с более привлекательным интерфейсом).
Единственная реальная опасность здесь заключается в том, что у вас есть привычка оставлять свои сценарии создания лежащими и не должным образом защищенными.Но то же самое можно сказать о любом скрипте, который имеет доступ к вашей базе данных.
Но в любом случае, преимущество использования такого инструмента, как phpMyAdmin, состоит в том, что он автоматизирует для вас множество вещей, о которых вы, вероятно, не думаете иначе.
И чтобы ответить на ваш вопрос о том, когда самое время сделать это в общем ... Установочные скрипты (такие как cms или скрипты форума) обычно создают таблицы во время процесса установки / установки.