Какой у вас вариант использования?
Если вы, например, пытаетесь поместить данные на набор DVD-дисков и никогда не будете использовать один из них без всех, и планируете собирать их на удаленном диске, разделение сжатых данных должно быть в порядке.
Если вы хотите распаковать один раздел независимо от других, то да, вам нужно разделить данные перед сжатием.
Разделенные файлы - это просто байты, как и оригинал. Вы должны быть в состоянии объединить детали без проблем.