Плюсы отдельных БД в том, что вы можете настроить отдельные БД в соответствии с потребностями клиентов. Поставьте клиентов с высоким спросом на их собственные машины, объедините низкий спрос на одну машину и т. Д.
Основное значение одного дБ - это одно представление всех данных, если это важно для вас (статистика, приложение, что угодно). Большинство БД не дают вам возможности указать «горячие» части таблицы для кэширования и т.п., но вы можете сделать это для отдельных таблиц.
Количество накладных расходов, которое каждая отдельная БД имеет на сервере, я считаю минимальным. Если ваши клиенты не передают какие-либо данные, то хорошим вариантом может быть отдельная БД.