Я тоже новичок в CKEditor. Но кажется, что это будет довольно легко, когда вы получите данные из редактора в переменную javascript, например:
var editorData = $('my_div').ckeditorGet().getData();
Затем вы можете поместить editorData в скрытое поле ввода и затем отправить его в файл PHP, который вы собираетесь создать. В этом PHP-файле вы могли бы взять что-то вроде:
$theData = $_GET["name_of_the_hidden_input_field"];
//here comes the PHP code for inserting $theData into mysql