Один из способов заключается в том, чтобы компонент wesite находился внутри фрагмента, а не внутри компонента, при поиске на веб-сайте поиск не был бы установлен или удален.
<!-- Because this is under a fragment (rather than a component) it merely locates the specified site rather than install or uninstall it -->
<iis:WebSite Id="WS_DEFAULT" Description="Default Web Site">
<iis:WebAddress Id="AllUnassigned" Port="80" />
</iis:WebSite>
Таким образом, при удалении будут удалены только установленные приложение / файлы.