Я боролся с проблемой, похожей на эту, и пришел к выводу, что это не было возможно официально зарегистрированным способом ... gtk.Table, похоже, не был разработан, чтобы справиться с идеей, что вещи могут пересекаться. Казалось, что виджеты отображаются в порядке, связанном (но не совсем) с порядком их добавления в таблицу.
В итоге я определил, какие виджеты перекрывались, и написал код для переключения их видимости в зависимости от того, какой из них подходит для текущего состояния. Это было возможно только из-за специфики моего приложения, оно может не сработать для вас.
Один путь, который я не исследовал до сих пор, но мог бы быть жизнеспособным: перехват события expose на таблице gtk и передача его детям в определенном порядке (это быстро усложнилось, но может сработать). Мое понимание событий gtk.Widget неполное, могут быть и другие события, которые также необходимо перехватывать.