Я не знаю ни одной библиотеки XML, которая бы сделала это за вас. Но использование регулярных выражений звучит как приличная идея, если вам действительно нужно это сделать.
>>> xml = '\n <etaoin>shrdlu</etaoin>\n'
>>> head, tail = re.findall(r"^\s*|\s*$", xml)[:2]
>>> root = etree.fromstring(xml)
>>> out = head + etree.tostring(root) + tail
>>> out == xml
True