Хорошо, проблема в том, что вы присваиваете переменную при загрузке страницы (до того, как пользователь что-то ввел).
позволяет вставлять все это в документ готов.
$(document).ready(function () {
// Initialize the variable by declaring it
var ageVar ;
function BMR_Cal() {
//then tie it to the input element AFTER the user has inputted .
ageVar = $('#BMR_age');
if(ageVar.val() > 0) {
document.location.href="yourpagename#BMR_Result";
}
});