Лучше всего давать XML-комментарии к только одному из частичных определений .Не должно быть необходимости разбивать публичные комментарии для 1 класса на 2 места.(Конечно, регулярные комментарии все же имеют смысл иметь в каждом частичном определении.)
Способ, которым работает Visual Studio, заключается в том, что комментарий в одном частичном определении переопределяет другой.Вы можете подтвердить это, создав 2 частичных определения одного и того же класса с разными XML-комментариями, а затем создайте переменную этого типа.Intellisense покажет только 1 из XML-комментариев.
Это также будет поведение любого инструмента документации, использующего файл XML-комментариев, сгенерированный Visual Studio, который включает в себя Sandcastle.