timeit
предназначен для тестирования очень коротких фрагментов кода, поэтому он выполняет код много раз и усредняет их.По умолчанию он запускается 1000000 раз.
Вы можете изменить это, запустив его следующим образом:
timeit.Timer('print "hi"').timeit(number=1)