Вы можете клонировать его на удаленный сервер, используя SSH, а затем отправить его на github, но это единственный вариант, который я знаю.
В качестве альтернативы, посмотрите, загрузил ли кто-то другой файл, если он с открытым исходным кодом, тогда вы можете раскошелиться на github и просто загрузить гораздо меньший набор обновлений с вашего локального компьютера. Если вы знаете кого-то другого с быстрым подключением, вы можете попросить его сделать это за вас или загрузить его, а затем сменить владельца репо на вас.