Используйте PopUpManager и обычную кнопку, чтобы вызвать что-то вручную, вместо использования PopUpButton. Затем вы можете открыть и закрыть его, когда захотите, и избежать поведения по умолчанию.
var canvas:Canvas = new Canvas();
PopUpManager.addPopUp(canvas, this);
PopUpManager.centerPopUp(canvas);
PopUpManager.removePopUp(canvas);