В NHibernate 3 с Linq вы делаете это:
from u in session.Query<User>()
where u.Username == username
select u
Или
session.Query<User>().Where(u => u.Username == username)
Не уверен, что это то, что вы ищете.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Query<T>
это метод расширения. Не забудьте добавить using NHibernate.Linq
, чтобы иметь возможность его использовать.