Я сомневаюсь, что вы можете остановить MDB, не останавливая все приложение.Это возможно с Spring JMS, но не с обычными компонентами, управляемыми сообщениями.
То, что вы могли бы сделать, и, по-видимому, возможно, это приостановка очереди .HornetMQ дает вам возможность переключить очередь в «режим только получения», хотя я не знаю, доступно ли это через консоль администратора.