просто сравнивая производительность, заметной разницы не будет (я думаю, что реализация mysql будет очень [...] чуть-чуть быстрее).
попытайтесь использовать решение, которое приводит к более читаемому (и, таким образом, более легкому в обслуживании) коду. для меня это такие вещи, как хеширование в php, но я не знаю, как выглядит ваш код, поэтому, возможно, позволить mysql сделать работу легче для вас.
PS: если вы используете это для паролей, подумайте об использовании другого алгоритма для хеширования (например, sha256). для получения дополнительной информации посмотрите wikipedia и прочитайте о столкновениях.