Цитирование MSDN :
Случай спецификатора формата указывает, следует ли ставить перед экспонентой префикс "E" или "e". Экспонента всегда состоит из знака плюс или минус и минимум трех цифр. Показатель степени заполняется нулями, чтобы соответствовать этому минимуму, если требуется.
Это со стандартным спецификатором номера.
Однако, с помощью пользовательского формата , вы можете установить число 0:
987654 ("#0.0e0") -> 98.8e4
Для вашего случая это
(0.0000123456).ToString("#0.0E0"); //12.3E-6
Редактировать после комментария BobSort
Если вам нужна научная запись, вы можете указать, что вам нужна только одна цифра перед десятичной дробью со следующим:
(0.0000123456).ToString("0.00#E0"); //1.23E-5