Если у вас есть GtkVPaned и вы уже добавили в него два ваших виджета, примерно так должно работать:
GtkVPaned *vpane = ...;
// set up stuff here
int pos = ;// calculate correct position here, easy if you know the height already
g_object_set(vpane,
"position", pos,
"position-set", TRUE);
Становится все труднее, если вы не знаете высоту региона, тогда вам действительно нужно добавить VPane во все, что вы хотите, убедитесь, что макет происходит, и спросите высоту.