Полагаю, вы могли бы создать новый файл проекта, содержащий все файлы из двух проектов. Таким образом, вы можете сохранить текущую структуру для разработки и использовать объединенный файл проекта для создания выходных данных, которые будут выпущены из проекта. Файлы проекта представляют собой довольно простые XML-файлы, поэтому если вы откроете один из них в текстовом редакторе, вы, вероятно, выясните, как они работают довольно быстро.
Очевидным недостатком этого подхода является, конечно, необходимость сохранения этого третьего файла проекта при добавлении или удалении файлов в одном из проектов, но если это происходит не очень часто, он может работать довольно хорошо Я думаю.