Хм У меня была похожая проблема с репозиториями git (клонированы из командной строки с помощью инструмента git): Eclipse повредил индекс .git внутри директории проекта, когда я импортировал проекты, клонированные в рабочей области eclipse. Чем я клонировал git repo вне рабочей области и , импортированные в eclipse с помощью флажка «копировать в рабочую область» и все работало гладко ...
Но стоит упомянуть, что я скачал Eclipse Classic, который поставляется без egit или без каких-либо плагинов, связанных с git, потому что я подозревал, что этот плагин egit сбрасывал каталог .git помимо других проблем с импортом.
Возможно, что программисты Eclipse хотят от нас импортировать внешние рабочие каталоги.