Я решил это.Во-первых, да, подпроект строился в родительской папке bin.
Проблема заключалась в том, что в IIS родительские и дочерние папки были заданы как приложения.Я сделал ребенка просто виртуальной папкой, и проблема исчезла.
Почему это сработало?Я попытался перебрать HTTPModules и обнаружил, что MS ScriptModule не имел проблемы, но если я сначала переместил модуль ActiveRecord, у него была проблема.Я думаю, что эти модули имеют проблемы, если они пытаются загрузиться более одного раза.(Просто предположение.)
Или, возможно, безопасность ребенка, поскольку это было приложение, не позволяла загружать сборки из другого приложения.
Сейчас работает... по другим вопросам.Спасибо.